三太子回眸深望李先生：“李先生有主意了？”
“是，殿下，我们去湖北兴山，那里的不是还有夔东十三家的二十万大顺遗军吗？明军只占了湖北的长江以南区域，兴山在江北，如今仍是满人的统治区域，据李某所知，夔东十三家的首领李来亨曾派人与明军联络，明军虽然积极接触，可是十三家的许多将领却存有虑。”李先生顿了顿道：“+东十三家原本是李自成大顺军一脉，当年南明各帝抗清之时，宁愿与张献忠的遗部联合抗清，也不愿与大顺军的孤军一道奋战，所为的只是李自成当年攻取了北京城，崇祯皇帝就是死在李自成之手。况且当年李自成和舅舅高迎祥出兵凤阳，挖断太祖陵寝，李来亨虽然只是大顺旧部，但部属们害怕降明之后新始翻旧账，因此虽暗暗与明军接触，却不敢下定归附的决心。若是太子殿下去兴山一趟，与李来亨联络，说服他们聚众依附殿下，有了这二十万抗清的志士，再加上各地香堂的十万会众，不愁霸业不成。”
+东十三家乃是夔州以东地区的反清武装力量的总称，以反清复明为宗旨，核心是原李自成的大顺农民起义军。李自成从北京退出后，连续败于清军，最后在湖北通山县九宫山突然遭到地主武装杀害，他的余部刘体纯、郝永忠、李来亨、袁宗第等在各地尚有20~余万人，于顺治三年至四年前后，络绎转战、回归到川鄂边区兴山、归州、巴东、大宁等县，合兵二十万，声势浩大，是大顺军遗孤的最后一支抗清力量。
经过艰苦奋战之后，首领李来亨率众回到巴归，选定兴山、茅麓山为据点，建帅府于七连坪。最终建立起以湖北兴山县茅麓山为中心、占有20~余县、拥兵数万的抗清基地。
康熙初年，满人曾在湖北兴山对夔东十三家进行过大规模的围剿，若是按照原先的历史，现在地+东十三家恐怕早已灭亡了，也正因为南明崛起，满人无暇对付这伙躲在深山的流寇，也让夔东十三家能够得以在兴山维持。
朱三太子点了点头，灰白的眼眸中又闪露出一丝希望：“好，去兴山，本太子久闻李得亨以二十万疲弱之众抗拒清军二十年之久，是个顶天立地的大英雄，他虽是闯贼余部，可毕竟这些早已是陈年旧事。”
水浪更急，碧波万里之上，朱三太子的座船犹如利箭一般劈风逐浪，驶入北部湾的海域。
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珠江口岸乃是朱骏计划中工业化的最重要位置之一，为此，朝廷总共在这里划下了四片开发区域，分别是番禺、香山、顺德、新安四府，总面积足有海都开发区地三倍，单基建的费用就超过了八百万两白银，劳师动众了整整一年，才将基建设施完全修建，此后的一年便是疯狂地吸引投资，广东的汉人与南洋联系紧密，清兵入关之后逃入南洋的广东人极多，如今这些人衣锦还乡，带回来的不止是亲情，更是无数的资金，一年地功夫，四个开发区便不断的建设厂房，大量招募工人，如今已形成了完整地生产体系。
朱骏在赵高的陪同下在番禺开发区做了短暂地驻留，番禺腹地便是大海，有专门的大型港**通海路，北部便是广东省的三司衙门驻地广州府，左右分别是顺德、新安开发区，地理条件极为优越，因此吸引地投资也是四大开发区之首，如今已有近三十万人入开发区做工，六百四十家大小作坊、工厂源源不断的生产着各种货物经由番禺港和连接广东、顺德、新安地驰道将货物送往各地。
开发区地官员都是由工部择选地。主官更是周慕白亲自选定。因此番禺开发区地主官自然是与周慕白地脾气相近地。如数家珍地在朱骏面前摆弄各种数据。开发区每月炼钢多少。生产多少布匹等等。朱骏也很乐意听。倒是让赵高一脸地郁闷。堂堂布政使还只能站在身边陪驾。让个六品主官出尽了风头。
这时。一个北镇抚司地番子进来禀告：“皇上。弘智大师找到了。正在衙外。”
朱骏激动地搓了搓手。连忙从御案上站了起来：“快请…”话刚说完。朱骏又后悔了。摆手道：“还是朕亲自去迎接吧。”
说完起身向衙外走去。衙堂内地文武官员都是一脸地惑。弘智大师是谁？他们连听都没有听说过。但是皇上如此看重。谁也不敢再这里待了。纷纷跟着皇上出衙迎候。
朱骏缓步到了衙门。抬眸看到一个老僧穿着破旧地僧衣站在门外。身子倒还是硬朗。老僧地眼神似乎也落在朱骏身上。上下打量。唏嘘不已。
“微臣方以智叩见皇上。”老僧目中噙泪。已不自觉地跪了下来。
朱骏加快了步子一把将方以智扶起：“方爱卿快快不必客气，快起来说话。”
跟在朱骏后面的官员一下子明白了，原来这人就是当年名闻天下的方以智，他们想不到的时，这个老人如今已经剃发成了和尚。
方以智深望了朱骏一眼，手掌合起行了各佛礼：“一别经年，皇上已不是从前的那个的皇上了。”
朱骏闻言脸色变了变，随即才想到方以智是另有所指，方以智是安庆府桐城县凤仪里人，是桐城地区这一时期主要的世族子弟。曾祖父方学渐，精通医学、理学，并且能学习诸子百家，融会贯通，自成体系，除记录赴东林讲学的《东游记》外，著有《易蠡》、《性善绎》、《桐夷》、《迩训》、《桐川语》等。祖父方大镇在万历年间，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《诗意》、《礼说》、《永思录》、《幽忠录》等数百卷。因方学
学于泰州学派的耿定理，《明儒学案》把他列入《。外祖父吴应宾，精通释儒，著有《学易全集》、《学庸释论》、《宗一圣论》、《三一斋稿》等。父亲方孔，万历四十四年进士，崇祯朝官至湖广巡抚，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，著有《周易时论》、《全边略记》、《尚书世论》等有《全边略记》等著作。
《周易时论》被《四库提要》列入存目。
方以智自幼秉承家学，从小由母亲和姑姑一起抚养长大。
成年后，方以智载书泛游江淮吴越间，遍访藏书大家，博览群书，四处交游，结识学友。在他的学友中有西洋传教士毕方济与汤若望，并阅西洋之书，从他们那里，方以智学习了解了西方近代自然科学，他认为：“今天下脊脊多事，海内之人不可不识，四方之势不可不识，山川谣俗，纷乱变故，亦不可不详也。”他曾作诗曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能无故国情。斥抱揄方始大笑，牵牛负总虚名。凌云久动江湖气，杖剑时成风雨声。海内只今信寥落，龙眠山下有狂生。”表达了自己非凡地政治抱负。为谏议皇帝选贤用能，革除弊端，实行某些改革，曾写了《拟求贤诏》、《拟上求治疏》、《拟上求读书见人疏》等，决心以襄扶明朝中兴为己任。他曾在《书鹿十一传后》中表示要“东海之泽、洗天下之垢”。曾与陈贞慧、吴应箕、侯方域等主盟复社，裁量人物，讽议朝局，人称“四公子”，以文章誉望动天下。
方以智的父亲方孔任湖广巡抚时被杨嗣昌弹劾下狱，方以智怀血疏讼冤，方孔这才得。一时传为佳话。
崇祯十三年，三十岁的方以智中进士，选为庶吉士，有人向崇祯皇帝推荐方以智，崇祯召对德政殿，方以智“语中机要，上抚几称善”。后在京任工部观政、翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官。
四年之后，李自成农民军攻入北京，崇祯皇帝自缢，方以智在崇祯灵前痛哭，被农民军俘获，农民军对他严刑拷打，但他始终不肯投降。不久，李自成兵败山海关，方以智侥幸乘乱南逃，大难不死。当方以智在北京誓死不降农民军之事传入江南时，友人皆把他比拟为文天祥。
方以智辗转奔向南京投奔南明弘光政权，仇敌阮大把持南明弘光朝政，不断受到排挤、迫害，于是不得不改名吴石公，流寓岭南、两广一带以卖药为生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不应，取名“三萍”，浪迹于珠江山水间。
随后桂王朱由榔称帝于肇庆，在父亲的朋友瞿式耗的引荐下，方以智参与了拥立永历政权的活动，任左中允，少詹事，翰林院侍讲学士，方以智很快便发觉桂王政权朝不保夕，名不符实，内则门户纷争，奸人当道，外则与广州绍武政权同室操戈，兵戎相见。永历更是胆小如鼠，稍稍闻风鹤即奔走靡常，这一切使方以智心灰意冷，后被人诬劾免职，不得不遁迹于少数民族聚居地湘、桂、粤西一带，过着“曲胘茅屋鸡同宿，举火荒村鬼作邻”的生活。
当清兵大举南下时，他曾联络东南抗清力量抵抗。清兵攻陷广西平乐，方以智被捕，清军在方以智的左边放了一件清军地官服，右边放了一把明晃晃的刀，让方以智选择。方以智毫不犹豫，立即奔到右边，表示宁死不降。满清将领相当欣赏他的气节，于是将他释放。获释后披:u为僧，改名弘智，字无可。
明末五大科学巨匠中，方以智、李时珍、徐光启、徐霞客、宋应星曾被后人并列，其中方以智曾所著的《物理小识》尤为杰出，可算是明末的科学巨著，朱骏也正是因为接触过《物理小识》才记住了方以智，大明光复江南之后，朱骏便派出锦衣卫四处寻访，便是想借助这个堪与牛顿媲美地科学巨匠请来担任一项相当重要的职务。
朱骏知道，方以智之所以说出‘一别经年，皇上已不是从前地那个的皇上’这句话并不是另有所指，早在十年前方以智便是永历皇帝地拥护登基者之一，之后才黯然拂去，如今的朱骏站在方以智面前，自然会说出皇上已不是从前的那个皇上地话来，只是这个皇上只是从前那个贪生怕死的永历，如今在方以智面前是个脱胎换骨、历经图强地中兴君王。
朱骏携着方以智的手，在大批官员地羡慕之下登入衙堂，朱骏坐在上座，从人给方以智搬来锦墩，广东的地方官员只能站在两侧，朱骏开口便问：“方先生的物理小识朕是研读过地，受益良多，如今才知道先生高才，这一次特意请先生来，便是希望先生能够入朝为官，为大明中兴，为天下百姓做些事。”
《物理小识》全书共十二卷，分为十五类，依次为天类、历类、风雷雨电类、地类、占候类、人身类、医药类、饮食类、衣服类、金石类、器用类、草木类、鸟兽类、鬼神方术类、异事类。从内容来看，它广泛涉及天文、地理、物理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等诸多方面。
《物理小识》的价值并不仅仅表现在它的实用性方面，也表现在它独特科学见解。方以智在该书中提出的许多真知灼见。在天文学方面，《物理小识》继承了中国传统天文学的优秀成果，并且吸取了当时西方传入地先进知识。例如该书认为“地体实圆，在天之中。……相传地浮水上，天包水外，谬矣。地形如胡桃肉，凸山凹海。”
中国传统上一直认为天圆地平。明末，传教士来华，带来了地圆学说，为一部分中国知识分子所接受，方以智是其中之一。他所说的“地形如胡桃肉，凸山凹海”一语
地说明了海也是地球地一部分，这有助于破除传统的上”之说。
在物理学方面，《物理小识》更是多有可称道之处，尤其表现在它所论及光学和声学知识方面。《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较其前人为强。书中提出了被我们称之为“气光波动说”地朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦”主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学地阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他并据此批驳了传教士有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人地学术贡献。
另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的发生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐发，都是极其出色的。
在医药生物诸方面，《物理小识》也有诸多贡献。方以智在这些方面用力甚大，有关条目占全书总条目的三分之一还要强。他会通中西，对人体生理、病理以及医疗、药物等诸多方面均有较深入的研究。方以智重视吸收引进西方医学知识，以弥补传统医学的不足。他在《物理小识》中介绍了大量西医解剖学知识，而这正是传统医学的一个薄弱环节。他根据西方人体生理知识，提出“人之智愚系脑之清浊”，这是对传统“心之官则思”说法的一个勇敢突破。方以智对传统医学也很精通，《物理小识》曾广泛援引历代医家言论，取各家之长而加以综合。在药物学方面，《物理小识》不但发现和改正了一些历代本草书（包括李时珍《本草纲目》）中的错误和疏漏。
方以智接受西方科技知识，并非盲从，而是经过自己的认真思考、消化。例如他对于西方地圆说，就是首先考察了地圆说赖以成立的观测证据，然后才加以接受的。对于传教士的错误说法，他则予以批驳。例如传教士曾说，太阳半径为地球半径的１60多倍，而太阳距地球只有１600多万里，方以智指出这是错误的，并且亲自推算地球圆周长约9万里，比之西方更为精确。
朱骏最佩服的并不是他发明了什么，而是老家伙对近代天文、地理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等方面统统有所涉及，单止这一点，便足够朱骏引起兴趣。
“皇上相召，微臣虽风烛残年，臣敢不效死力？”方以智绝对不是个含糊的人，当年为了抗清，他上蹿下跳，乃至于跑到深山去感召土匪出来抗清，就算是被人诬陷，离开了朝廷，还在到处联络抗清力量，大声疾呼。
朱骏笑道：“朕打算给你亲自制定一个官名，嗯，叫科学院祭酒吧，从此之后六部九卿改为六部十卿，正二品，如何？”
“科学院？”方以智道：“皇上，敢问这科学院署理的是什么事物？”
朱骏道：“天文、地理、格物、工艺、农学无所不包，只要有擅长专学者，都可入院研究，国库每年按时提供经费，科学院还可设置奖励，但凡成绩突出或研究出实物的学者，都可配发勋章，给予奖励，朕在南京新都已下令建设科学院，其规模与翰林院相等，朕取士不看文章，不问八股，只看是否有独到的学识和技艺、专业本领、特殊才能。科学院下设十司，一为天文司，二为地理司、三为物理司、四为化学司、五为生物司、六为医药司、七为农学司、八为工艺司、九为哲学司、十为艺术司。每司设主事一名，从三品衔，各司有侍读、侍讲、再征募奇能之士入院为博士、修撰、编修、检讨等官。”
方以智垂坐锦墩之上，一副道貌岸然的高僧之相，可是心里却扑通扑通的狂跳，眼眸中闪露不出的狂喜，他并非在乎名利，经过这么多年的坎坷，从一个倜傥的风流少年变成了行将入木的老人，名利早已是过眼云烟，只是皇上要新建的科学院却让方以智的心热乎起来，他原本是儒学世家，后来猎及西学，研究各种学术，如今让他接掌科学院，实在是大慰平生所愿，最重要的是，皇上将科学院提升到与翰林院同等的地位，这就是说，大明的取士之道恐怕要变了。
方以智突然开眸，脸上的褶皱也显得光滑了不少，仿佛一下子年轻了不少，他站起来顿了片刻，随后用手一扯，脱去身上的袈裟，现出袈裟内的内衣马裤，肃然的朝着朱骏道：“皇上，微臣这和尚不做了，今日便退封度蓄发还俗，这科学院祭酒是否可以立即上任？”
方以智的行为在衙内的文武官员眼里就显得有些‘大逆不道’了，不过朱骏倒并不以为意：“你先和朕到江南、岭南走一走，再回海都去择选一些良才，等迁都时再走马上任吧，方爱卿，朕听说你还有个儿子名叫方中通是吗？他也曾出过一本《数度衍》的书，熟知天文历算，方爱卿年纪大了，朕便下旨召方中通将来一道去南京，也在科学院任职吧。”
方以智显然是个六根不太清净的和尚，说到儿子脸上又红润了一些，方家传世六代以来，简直就是大儒的授精气，一个比一个学问大，代代都有人出书，从儒学、易学到心学、西学，猎及到什么就玩什么，还玩的十分熟稔，随便出一部书都是传世之作，开历史之先河。
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今天介绍个牛b的人物，可能会有些无聊，但是这个老家伙确实厉害，全家都厉害，多介绍一下。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆diancomm，章节更多，支持作者，支持正版阅读！)
“是，殿下，我们去湖北兴山，那里的不是还有夔东十三家的二十万大顺遗军吗？明军只占了湖北的长江以南区域，兴山在江北，如今仍是满人的统治区域，据李某所知，夔东十三家的首领李来亨曾派人与明军联络，明军虽然积极接触，可是十三家的许多将领却存有虑。”李先生顿了顿道：“+东十三家原本是李自成大顺军一脉，当年南明各帝抗清之时，宁愿与张献忠的遗部联合抗清，也不愿与大顺军的孤军一道奋战，所为的只是李自成当年攻取了北京城，崇祯皇帝就是死在李自成之手。况且当年李自成和舅舅高迎祥出兵凤阳，挖断太祖陵寝，李来亨虽然只是大顺旧部，但部属们害怕降明之后新始翻旧账，因此虽暗暗与明军接触，却不敢下定归附的决心。若是太子殿下去兴山一趟，与李来亨联络，说服他们聚众依附殿下，有了这二十万抗清的志士，再加上各地香堂的十万会众，不愁霸业不成。”
+东十三家乃是夔州以东地区的反清武装力量的总称，以反清复明为宗旨，核心是原李自成的大顺农民起义军。李自成从北京退出后，连续败于清军，最后在湖北通山县九宫山突然遭到地主武装杀害，他的余部刘体纯、郝永忠、李来亨、袁宗第等在各地尚有20~余万人，于顺治三年至四年前后，络绎转战、回归到川鄂边区兴山、归州、巴东、大宁等县，合兵二十万，声势浩大，是大顺军遗孤的最后一支抗清力量。
经过艰苦奋战之后，首领李来亨率众回到巴归，选定兴山、茅麓山为据点，建帅府于七连坪。最终建立起以湖北兴山县茅麓山为中心、占有20~余县、拥兵数万的抗清基地。
康熙初年，满人曾在湖北兴山对夔东十三家进行过大规模的围剿，若是按照原先的历史，现在地+东十三家恐怕早已灭亡了，也正因为南明崛起，满人无暇对付这伙躲在深山的流寇，也让夔东十三家能够得以在兴山维持。
朱三太子点了点头，灰白的眼眸中又闪露出一丝希望：“好，去兴山，本太子久闻李得亨以二十万疲弱之众抗拒清军二十年之久，是个顶天立地的大英雄，他虽是闯贼余部，可毕竟这些早已是陈年旧事。”
水浪更急，碧波万里之上，朱三太子的座船犹如利箭一般劈风逐浪，驶入北部湾的海域。
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珠江口岸乃是朱骏计划中工业化的最重要位置之一，为此，朝廷总共在这里划下了四片开发区域，分别是番禺、香山、顺德、新安四府，总面积足有海都开发区地三倍，单基建的费用就超过了八百万两白银，劳师动众了整整一年，才将基建设施完全修建，此后的一年便是疯狂地吸引投资，广东的汉人与南洋联系紧密，清兵入关之后逃入南洋的广东人极多，如今这些人衣锦还乡，带回来的不止是亲情，更是无数的资金，一年地功夫，四个开发区便不断的建设厂房，大量招募工人，如今已形成了完整地生产体系。
朱骏在赵高的陪同下在番禺开发区做了短暂地驻留，番禺腹地便是大海，有专门的大型港**通海路，北部便是广东省的三司衙门驻地广州府，左右分别是顺德、新安开发区，地理条件极为优越，因此吸引地投资也是四大开发区之首，如今已有近三十万人入开发区做工，六百四十家大小作坊、工厂源源不断的生产着各种货物经由番禺港和连接广东、顺德、新安地驰道将货物送往各地。
开发区地官员都是由工部择选地。主官更是周慕白亲自选定。因此番禺开发区地主官自然是与周慕白地脾气相近地。如数家珍地在朱骏面前摆弄各种数据。开发区每月炼钢多少。生产多少布匹等等。朱骏也很乐意听。倒是让赵高一脸地郁闷。堂堂布政使还只能站在身边陪驾。让个六品主官出尽了风头。
这时。一个北镇抚司地番子进来禀告：“皇上。弘智大师找到了。正在衙外。”
朱骏激动地搓了搓手。连忙从御案上站了起来：“快请…”话刚说完。朱骏又后悔了。摆手道：“还是朕亲自去迎接吧。”
说完起身向衙外走去。衙堂内地文武官员都是一脸地惑。弘智大师是谁？他们连听都没有听说过。但是皇上如此看重。谁也不敢再这里待了。纷纷跟着皇上出衙迎候。
朱骏缓步到了衙门。抬眸看到一个老僧穿着破旧地僧衣站在门外。身子倒还是硬朗。老僧地眼神似乎也落在朱骏身上。上下打量。唏嘘不已。
“微臣方以智叩见皇上。”老僧目中噙泪。已不自觉地跪了下来。
朱骏加快了步子一把将方以智扶起：“方爱卿快快不必客气，快起来说话。”
跟在朱骏后面的官员一下子明白了，原来这人就是当年名闻天下的方以智，他们想不到的时，这个老人如今已经剃发成了和尚。
方以智深望了朱骏一眼，手掌合起行了各佛礼：“一别经年，皇上已不是从前的那个的皇上了。”
朱骏闻言脸色变了变，随即才想到方以智是另有所指，方以智是安庆府桐城县凤仪里人，是桐城地区这一时期主要的世族子弟。曾祖父方学渐，精通医学、理学，并且能学习诸子百家，融会贯通，自成体系，除记录赴东林讲学的《东游记》外，著有《易蠡》、《性善绎》、《桐夷》、《迩训》、《桐川语》等。祖父方大镇在万历年间，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《诗意》、《礼说》、《永思录》、《幽忠录》等数百卷。因方学
学于泰州学派的耿定理，《明儒学案》把他列入《。外祖父吴应宾，精通释儒，著有《学易全集》、《学庸释论》、《宗一圣论》、《三一斋稿》等。父亲方孔，万历四十四年进士，崇祯朝官至湖广巡抚，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，著有《周易时论》、《全边略记》、《尚书世论》等有《全边略记》等著作。
《周易时论》被《四库提要》列入存目。
方以智自幼秉承家学，从小由母亲和姑姑一起抚养长大。
成年后，方以智载书泛游江淮吴越间，遍访藏书大家，博览群书，四处交游，结识学友。在他的学友中有西洋传教士毕方济与汤若望，并阅西洋之书，从他们那里，方以智学习了解了西方近代自然科学，他认为：“今天下脊脊多事，海内之人不可不识，四方之势不可不识，山川谣俗，纷乱变故，亦不可不详也。”他曾作诗曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能无故国情。斥抱揄方始大笑，牵牛负总虚名。凌云久动江湖气，杖剑时成风雨声。海内只今信寥落，龙眠山下有狂生。”表达了自己非凡地政治抱负。为谏议皇帝选贤用能，革除弊端，实行某些改革，曾写了《拟求贤诏》、《拟上求治疏》、《拟上求读书见人疏》等，决心以襄扶明朝中兴为己任。他曾在《书鹿十一传后》中表示要“东海之泽、洗天下之垢”。曾与陈贞慧、吴应箕、侯方域等主盟复社，裁量人物，讽议朝局，人称“四公子”，以文章誉望动天下。
方以智的父亲方孔任湖广巡抚时被杨嗣昌弹劾下狱，方以智怀血疏讼冤，方孔这才得。一时传为佳话。
崇祯十三年，三十岁的方以智中进士，选为庶吉士，有人向崇祯皇帝推荐方以智，崇祯召对德政殿，方以智“语中机要，上抚几称善”。后在京任工部观政、翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官。
四年之后，李自成农民军攻入北京，崇祯皇帝自缢，方以智在崇祯灵前痛哭，被农民军俘获，农民军对他严刑拷打，但他始终不肯投降。不久，李自成兵败山海关，方以智侥幸乘乱南逃，大难不死。当方以智在北京誓死不降农民军之事传入江南时，友人皆把他比拟为文天祥。
方以智辗转奔向南京投奔南明弘光政权，仇敌阮大把持南明弘光朝政，不断受到排挤、迫害，于是不得不改名吴石公，流寓岭南、两广一带以卖药为生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不应，取名“三萍”，浪迹于珠江山水间。
随后桂王朱由榔称帝于肇庆，在父亲的朋友瞿式耗的引荐下，方以智参与了拥立永历政权的活动，任左中允，少詹事，翰林院侍讲学士，方以智很快便发觉桂王政权朝不保夕，名不符实，内则门户纷争，奸人当道，外则与广州绍武政权同室操戈，兵戎相见。永历更是胆小如鼠，稍稍闻风鹤即奔走靡常，这一切使方以智心灰意冷，后被人诬劾免职，不得不遁迹于少数民族聚居地湘、桂、粤西一带，过着“曲胘茅屋鸡同宿，举火荒村鬼作邻”的生活。
当清兵大举南下时，他曾联络东南抗清力量抵抗。清兵攻陷广西平乐，方以智被捕，清军在方以智的左边放了一件清军地官服，右边放了一把明晃晃的刀，让方以智选择。方以智毫不犹豫，立即奔到右边，表示宁死不降。满清将领相当欣赏他的气节，于是将他释放。获释后披:u为僧，改名弘智，字无可。
明末五大科学巨匠中，方以智、李时珍、徐光启、徐霞客、宋应星曾被后人并列，其中方以智曾所著的《物理小识》尤为杰出，可算是明末的科学巨著，朱骏也正是因为接触过《物理小识》才记住了方以智，大明光复江南之后，朱骏便派出锦衣卫四处寻访，便是想借助这个堪与牛顿媲美地科学巨匠请来担任一项相当重要的职务。
朱骏知道，方以智之所以说出‘一别经年，皇上已不是从前地那个的皇上’这句话并不是另有所指，早在十年前方以智便是永历皇帝地拥护登基者之一，之后才黯然拂去，如今的朱骏站在方以智面前，自然会说出皇上已不是从前的那个皇上地话来，只是这个皇上只是从前那个贪生怕死的永历，如今在方以智面前是个脱胎换骨、历经图强地中兴君王。
朱骏携着方以智的手，在大批官员地羡慕之下登入衙堂，朱骏坐在上座，从人给方以智搬来锦墩，广东的地方官员只能站在两侧，朱骏开口便问：“方先生的物理小识朕是研读过地，受益良多，如今才知道先生高才，这一次特意请先生来，便是希望先生能够入朝为官，为大明中兴，为天下百姓做些事。”
《物理小识》全书共十二卷，分为十五类，依次为天类、历类、风雷雨电类、地类、占候类、人身类、医药类、饮食类、衣服类、金石类、器用类、草木类、鸟兽类、鬼神方术类、异事类。从内容来看，它广泛涉及天文、地理、物理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等诸多方面。
《物理小识》的价值并不仅仅表现在它的实用性方面，也表现在它独特科学见解。方以智在该书中提出的许多真知灼见。在天文学方面，《物理小识》继承了中国传统天文学的优秀成果，并且吸取了当时西方传入地先进知识。例如该书认为“地体实圆，在天之中。……相传地浮水上，天包水外，谬矣。地形如胡桃肉，凸山凹海。”
中国传统上一直认为天圆地平。明末，传教士来华，带来了地圆学说，为一部分中国知识分子所接受，方以智是其中之一。他所说的“地形如胡桃肉，凸山凹海”一语
地说明了海也是地球地一部分，这有助于破除传统的上”之说。
在物理学方面，《物理小识》更是多有可称道之处，尤其表现在它所论及光学和声学知识方面。《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较其前人为强。书中提出了被我们称之为“气光波动说”地朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦”主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学地阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他并据此批驳了传教士有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人地学术贡献。
另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的发生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐发，都是极其出色的。
在医药生物诸方面，《物理小识》也有诸多贡献。方以智在这些方面用力甚大，有关条目占全书总条目的三分之一还要强。他会通中西，对人体生理、病理以及医疗、药物等诸多方面均有较深入的研究。方以智重视吸收引进西方医学知识，以弥补传统医学的不足。他在《物理小识》中介绍了大量西医解剖学知识，而这正是传统医学的一个薄弱环节。他根据西方人体生理知识，提出“人之智愚系脑之清浊”，这是对传统“心之官则思”说法的一个勇敢突破。方以智对传统医学也很精通，《物理小识》曾广泛援引历代医家言论，取各家之长而加以综合。在药物学方面，《物理小识》不但发现和改正了一些历代本草书（包括李时珍《本草纲目》）中的错误和疏漏。
方以智接受西方科技知识，并非盲从，而是经过自己的认真思考、消化。例如他对于西方地圆说，就是首先考察了地圆说赖以成立的观测证据，然后才加以接受的。对于传教士的错误说法，他则予以批驳。例如传教士曾说，太阳半径为地球半径的１60多倍，而太阳距地球只有１600多万里，方以智指出这是错误的，并且亲自推算地球圆周长约9万里，比之西方更为精确。
朱骏最佩服的并不是他发明了什么，而是老家伙对近代天文、地理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等方面统统有所涉及，单止这一点，便足够朱骏引起兴趣。
“皇上相召，微臣虽风烛残年，臣敢不效死力？”方以智绝对不是个含糊的人，当年为了抗清，他上蹿下跳，乃至于跑到深山去感召土匪出来抗清，就算是被人诬陷，离开了朝廷，还在到处联络抗清力量，大声疾呼。
朱骏笑道：“朕打算给你亲自制定一个官名，嗯，叫科学院祭酒吧，从此之后六部九卿改为六部十卿，正二品，如何？”
“科学院？”方以智道：“皇上，敢问这科学院署理的是什么事物？”
朱骏道：“天文、地理、格物、工艺、农学无所不包，只要有擅长专学者，都可入院研究，国库每年按时提供经费，科学院还可设置奖励，但凡成绩突出或研究出实物的学者，都可配发勋章，给予奖励，朕在南京新都已下令建设科学院，其规模与翰林院相等，朕取士不看文章，不问八股，只看是否有独到的学识和技艺、专业本领、特殊才能。科学院下设十司，一为天文司，二为地理司、三为物理司、四为化学司、五为生物司、六为医药司、七为农学司、八为工艺司、九为哲学司、十为艺术司。每司设主事一名，从三品衔，各司有侍读、侍讲、再征募奇能之士入院为博士、修撰、编修、检讨等官。”
方以智垂坐锦墩之上，一副道貌岸然的高僧之相，可是心里却扑通扑通的狂跳，眼眸中闪露不出的狂喜，他并非在乎名利，经过这么多年的坎坷，从一个倜傥的风流少年变成了行将入木的老人，名利早已是过眼云烟，只是皇上要新建的科学院却让方以智的心热乎起来，他原本是儒学世家，后来猎及西学，研究各种学术，如今让他接掌科学院，实在是大慰平生所愿，最重要的是，皇上将科学院提升到与翰林院同等的地位，这就是说，大明的取士之道恐怕要变了。
方以智突然开眸，脸上的褶皱也显得光滑了不少，仿佛一下子年轻了不少，他站起来顿了片刻，随后用手一扯，脱去身上的袈裟，现出袈裟内的内衣马裤，肃然的朝着朱骏道：“皇上，微臣这和尚不做了，今日便退封度蓄发还俗，这科学院祭酒是否可以立即上任？”
方以智的行为在衙内的文武官员眼里就显得有些‘大逆不道’了，不过朱骏倒并不以为意：“你先和朕到江南、岭南走一走，再回海都去择选一些良才，等迁都时再走马上任吧，方爱卿，朕听说你还有个儿子名叫方中通是吗？他也曾出过一本《数度衍》的书，熟知天文历算，方爱卿年纪大了，朕便下旨召方中通将来一道去南京，也在科学院任职吧。”
方以智显然是个六根不太清净的和尚，说到儿子脸上又红润了一些，方家传世六代以来，简直就是大儒的授精气，一个比一个学问大，代代都有人出书，从儒学、易学到心学、西学，猎及到什么就玩什么，还玩的十分熟稔，随便出一部书都是传世之作，开历史之先河。
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今天介绍个牛b的人物，可能会有些无聊，但是这个老家伙确实厉害，全家都厉害，多介绍一下。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆diancomm，章节更多，支持作者，支持正版阅读！)